محلول ظاهر سازی^[۵۹]
جدول ۳-۱۰ مواد لازم جهت تهیه محلول ظاهرسازی

۳-۹ مراحل انجام کار
- در ابتدا ژل به مدت ۳ دقیقه داخل محلول ثابت کننده روی دستگاه تکان دهنده^[۶۰] قرار داده می‌شود.
- مدت زمان لازم برای محلول دوم ۱۲ دقیقه می‌باشد.

- سپس ژل دو بار با ۲۰۰ سی سی آب مقطر شستشو داده شد و زمان لازم برای شستشو ۴۵ ثانیه می‌باشد.
- در این مرحله ژل داخل محلول سوم (محلول ظاهر سازی) تا اینکه باندها قابل رویت شوند قرار گرفت.
- سپس برای اینکه باندها فیکس شوند ژل را درون محلول متوقف سازی^[۶۱] قرار می‌دهیم، که در واقع همان محلول ۱ می‌باشد.
- در رنگ ­آمیزی ژل­ اکریل ­آمید نکات زیر قابل توجه می‌باشند:
- آب مورد استفاده در تهیه محلول‌های رنگ ­آمیزی اگر سرد باشد نتیجه بهتری را به دنبال دارد.
- فرمالدئید را بایستی در زمان استفاده به محلول ۳ اضافه کرد.
- فرمالدئید مورد استفاده در زمان مصرف بایستی سرد باشد.
- زمان شستشو نیز باید مناسب باشد. چون شستشوی بیش از حد باعث ایجاد باندهای کم رنگ و شستشوی کمتر از حد باعث سیاه شدن ژل می‌شود.
- آب مورد استفاده در تهیه بافرها بایستی آب مقطر باشد، زیرا آبی که ناخالصی دارد باعث سیاه شدن ژل می‌شود.
۳-۱۰ تعیین توالی الگوهای باندی مشاهده شده در جمعیت مورد مطالعه
به منظور شناسایی دقیق‌تر تفاوت‌های موجود در بین ژنوتیپ های مشاهده شده برای ژن هورمون رشد ماهی سفید (GH-2) در جمعیت مورد مطالعه از نظر توالی نوکلئوتیدی، یک نمونه از هر الگوی باندی پس از جداسازی از روی ژل آگارز ۵/۲ درصد برای تعیین توالی ارسال شد.
۳-۱۱ تجزیه تحلیل داده‌ها
۳-۱۱-۱ تجزیه و تحلیل آماری ژنتیک جمعیت و ارتباط نشانگر- صفت
فراوانی‌های آللی برای جایگاه مورد مطالعه با بهره گرفتن از نرم‌افزار POPGENE نسخه ۳۲/۱ و با معادله‌های ریاضی زیر برآورد شدند:
که در این رابطه:
P_i: وفور آلل i ام f: تعداد افراد تعیین ژنوتیپ شده
P_j: وفور آلل j ام N: تعداد کل افراد در جامعه
همچنین مطالعات ارتباطی نشانگر- صفت با بهره گرفتن از نرم افزار آماری SAS (1/9) و پروسه GLM ^[۶۲]بر اساس مدل آماری زیر انجام شد:
Y_ij =µ + G_i+ e_ij
که در این رابطه Y_ij: مشاهدات مربوط به صفات مورد مطالعه، µ: میانگین جامعه برای صفت مورد نظر، G_i: اثر ثابت i امین ژنوتیپ و e_ij: اثر تصادفی خطا می‌باشند.
همچنین مقایسه میانگین‌ها ژنوتیپ های مشاهده شده با بهره گرفتن از آزمون چند دامنه‌ای دانکن انجام شد.
۳-۱۱-۲ تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک توالی‌های به دست آمده
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک توالی‌های به دست آمده از تعیین توالی ژنوتیپ‌های مختلف هورمون رشد ماهی سفید به کمک نرم افزار BioEdit (version7.0.9.0) صورت گرفت. همچنین میزان تشابه توالی‌های به دست آمده با توالی‌های مشابه در سایر گونه‌های ماهی با بهره گرفتن از بلاست (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) مورد بررسی قرار گرفت.
فصل چهارم
نتایج
۴-۱ بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده
کیفیت و کمیت DNA استخراج شده با بهره گرفتن از الکتروفورز ژل آگارز ۷/۰ درصد تعیین شد. در شکل ۴-۱ نمونه‌هایی از­ دیانای استخراج شده نشان داده شد.